ゲノムやさまざまなオッミクス技術の進歩に伴い、多種多様な病態や薬剤の応答における免疫細胞の変化を詳細に追跡することができるようになり、種々の薬剤による薬疹や肝傷害や自己免疫疾患の原因が明らかになった。また、がん治療においては、がん組織内や全身の免疫環境が、がん免疫療法だけでなく、抗がん剤・分子標的薬の反応性においても重要であることがわかり、免疫ゲノム研究は新たな免疫療法の開発につながっている。